В периоды арктических вторжений холодного воздуха минимальная температура может понижаться до минус 10…15 °С.
В конце сентября происходит устойчивый переход температуры воздуха через 5 °С, на севере территории через 0 °С в сторону понижения температуры.
Осадки в сентябре выпадают в основном в виде дождя, но вероятен переход в снег. В третьей, местами во второй декаде в отдельные годы возможно установление временного снежного покрова. Количество осадков по сравнению с августом уменьшается на 10-30 мм, но увеличивается число дней с осадками до 8-15 дней, по северу территории до 16-21 дня. Осадки становятся менее интенсивными, но более продолжительными.
В среднем за сентябрь в большинстве районов выпадает 18–66 мм, местами в Республике Алтай и в Кемеровской области 75–94 мм, в Республике Алтай местами до 101 мм, в Кош-Агаче 9 мм.
Наибольшее суточное количество осадков по территории обслуживания составляет 20-46 мм, в отдельных районах Тюменской, Омской, Кемеровской областей и Республики Алтай 50-60 мм.
Средняя скорость ветра составляет 1–5 м/с. Усиление ветра до 15–20 м/с наблюдается ежегодно, максимальные порывы достигают 25–29 м/с. По югу территории при шквалах возможно усиление скорости ветра до 30–40 м/с.
Туманы в сентябре на большей части территории наблюдаются 2-5, местами 9-13 дней в месяц.
В сентябре ежегодно бывает 1-2 дня с грозой. Град в сентябре бывает редко: на юге Западной Сибири град наблюдается 1-3 раза в 10 лет, на севере – 1-2 раза в 50 лет.
В степных и лесостепных районах Западной Сибири в сентябре случаются пыльные бури. Чаще всего они бывают в Кулундинской и Алейской степях и на плато Кош-Агач.
Республика Алтай
Средняя месячная температура воздуха ожидается плюс 8…11 оС, в высокогорных районах плюс 1…6 оС, что около нормы.
В первой и третьей декадах ожидаются колебания температуры воздуха ночью от плюс 9…14 оС, в горах 0…плюс 5 оС, до плюс 2…7 оС, в горах 0…минус 5 оС, днем от плюс 26…31 оС, в горах плюс 15…20 оС, до плюс 18…23 оС, в горах плюс 7…12 С.
Во второй декаде ожидается понижение температуры воздуха ночью до 0…плюс 5 оС, в горах минус 1…6 оС, днем плюс 9…14 оС, в горах 0…плюс 5 оС.
Месячное количество осадков предполагается меньше нормы (32-77, в Кош-Агаче 9 мм, в Яйлю 101 мм).
Дожди различной интенсивности предполагаются в большинстве дней второй декады и в отдельные дни первой и третьей декад месяца, в период похолодания – небольшие осадки в виде дождя с мокрым снегом.